果蔬通过冷却后，即可送入冷藏库冷藏。冷藏温度与相对湿度均要保持安稳，在吸入管线上装有恒压阀，不得有较大的动摇，否则将直接影响果蔬的呼吸作用，如温度过高，相对湿度过大，将使果蔬的呼吸作用加快，引起它的蜕变腐朽。

同时，也会使果蔬“出汗”，在其表面呈现水滴而有利于微生物的生长繁殖，不耐储藏;温度过低，相对湿度过小，又会引起冻伤果蔬，发作低温病害，且使果蔬干缩 (如萝卜呈现空心)。所以，一般果蔬冷却的冷藏温度在1~-1℃之间，相对湿度对水果一般要求在90-95%，在蔬菜一般要求在85-90%。假如相对湿度过低，可在鼓风机前配备自动喷雾器，清洁的水随冷风形成细细小的雾状喷向果蔬冷藏库的空气中，以调节其空气湿度，也可向冷藏间喷洒清水或在包装容器上盖上浇湿的草席。假如相对湿度过高，可在冷间墙角处放些吸湿性的物质。如块石灰、无水氯化钙、枯燥的木炭等，以减少湿度。